Plánovaná výskumná činnosť NCEGŠ reaguje hlavne na aktuálne úlohy vyplývajúce z prijímaných vládnych materiálov a zákonov NRSR, z oblasti nášho zamerania. Na základe toho je činnosť Národného centra európskych a globálnych štúdií skoncentrovaná do zadefinovania štyroch tematických okruhov, z ktorých sú určené konkrétne vecné a časovo plniteľné prioritné úlohy. K nim sú priradené prierezové úlohy dotýkajúce sa NCEGŠ.